Początki wsi datowane są na 1484 r (pierwsza wzmianka). Była wówczas pod władaniem Balów, na prawie wołoskim.
W 1921 r. Żernica Wyżna liczyła 152 domy i ponad 880 mieszkańców trzech wyznań (grekokatolików, wyznania rzymskokatolickiego i mojżeszowego), a tuż przed II wojną światową było ich powyżej 1000.
W czasie wojny stacjonowały tu oddziały UPA, które w 1945 r. po raz pierwszy dokonały pacyfikacji wsi. Dwa lata późniejmieszkańcy zostali wysiedleni w ramach "Akcji Wisła".
Obecnie poza odnowioną cerkwią pw. świętego Bazylego (o której więcej w artykule "Przez łąkę i las do Żernicy"), we wsi zobaczymy jedynie odnowiony przycerkiewny cmentarz, budynki gospodarcze, a w oddali lądowisko. Po wojnie do lat osiemdziesiątych było tu więzienne gospdarstwo rolne.
Budynki po nim rozebrano, a grunty użytkował PGR.
Cerkiew długi czas pełniła rolę magazynu nawozów, aż podupadła zupełnie. Obecnie, odnowiona w l. 2009-2013 przez prywatnego inwestora, obecnego właściciela tych ziem, pełni funkcję koscioła rzymskokatolickiego.
Teren wsi jest obecnie w rękach prywatnych, ale udostępniony jest przybywającym.