Przetrwał II wojnę światową w dość dobrym stanie, dzięki czemu jest, obok leskiego, jednym z najlepiej zachowanych cmentarzy żydowskich w południowo-wschodniej Polsce, a najlepiej zachowanym w polskich Bieszczadach.
Powstanie cmentarza jest ściśle związane z prężnym rozwojem tutejszej społeczności żydowskiej. Pierwsze wzmianki o pojawiających się w Lutowiskach Żydach dotyczą połowy XVIII stulecia. W 1870 stanowili oni już około 70% mieszkańców (1309 na 1849).
Kirkut powiększał się wraz z rozwojem społeczności żydowskiej w Lutowiskach. Najstarsza jest dolna część.
Na cmentarzu prawdopodobnie są pochowani tutejsi rabini: Pinkas Melech Beer i Mani Ajzenhandler oraz członkowie najbogatszej lutowiskiej rodziny żydowskiej Randowie.
Po zakończeniu II wojny światowej pozbawiony opieki cmentarz popadł w zapomnienie i niszczeje do dzisiaj. Choć zachowało się na nim wiele macew, to większość jest nieczytelna. Niektóre są popękane i poprzewracane. Przez lata zarosły też mchami i porostami i coraz trudniej odczytać inskrypcje.
Najstarszy zachowany nagrobek pochodzi z grudnia 1796 roku, a najnowszy z 1940 roku.
Obecnie cmentarz stanowi fragment ekomuzeum rozciągającego się na terenach wsi i jej okolic. Powstało ono na przełomie XX i XXI wieku. Dojście na cmentarz jest oznakowane, a przy wejściu na jego teren znajduje się tablica informująca o dziejach Żydów w Lutowiskach.